第１話　黒い敵

宇宙世紀0079年10月、北米大陸南部。ジオン公国軍のヴァシリー伍長は、フリンとセルグとともにザクⅡ３機で本隊との合流を急いでいた。北アメリカ方面軍西部地区司令ガルマ・ザビが戦死したことで司令部は混乱し、新型実験機の受領もままならない。騒乱の渦中を行軍するヴァシリーの小隊は、接近する未確認機の存在を感知し、未確認機からの攻撃を受ける。その未確認機とはジオンの兵士を震撼させたモビルスーツ《ガンダム》であった。

第２話　死ぬなよヴァシリー

本隊との合流途中でヴァシリーの小隊は、地球連邦軍の新型モビルスーツ《ガンダム》と遭遇し戦闘に陥る。自機のザクⅡを破損しながらもなんとかガンダムを退けるが、僚機を失ってしまう。ひとり生き残ったヴァシリーの脳裏には、開発訓練Y-02小隊の仲間、そして悪夢のような作戦を半ばで放棄し、Y-02小隊を解散させたドアン隊長の姿が離れないでいた。ドアン隊長は「死ぬなよ ヴァシリー」ということばを彼に残し軍を脱走していた。

第３話　黒海の堰

宇宙世紀0079年10月中旬、元開発訓練Y-02小隊のカルカ軍曹とヤル・マル伍長は 黒海の入口となるボスポラス海峡にいた。二人が転属となった水上部隊には、ジブラルタルを突破した地球連邦軍のオデッサ侵攻を堰き止める、という任務が課せられていた。しかしジオンと地球連邦の彼我兵力差は圧倒的で、連邦軍に海峡を突破されるのも時間の問題となっていた。そして霧の濃い日、水中から《ガンダム》タイプのモビルスーツが襲撃してきた。

第４話　見えざる敵

海中から地球連邦軍機の迎撃に出ていたヤル・マルのゴッグは水中型ガンダムと遭遇後、交信不能になってしまう。海上で狙撃を担当していたカルカは、ヤル・マルとの交信が途絶えたことで、開発訓練Y-02小隊で初めて行われた模擬戦とドアン隊長のことばを思い出していた。ヤル・マルからの通信がないまま、ジオン側の友軍機が水中型ガンダムにより次々と撃破され、ついにはカルカのザクⅠが乗るジオン艦にまで迫っていた！

第５話　囮

水中型ガンダムとの戦闘で気を失っていたヤル・マルが目覚め、海中の友軍機が全滅したことを知る。ヤル・マルは恐怖を振り払い、海上のカルカたちを狙う水中型ガンダムに突進する。ヤル・マルのゴッグと水中型ガンダムが乱戦となり、その状態で敵のみを狙撃するのはカルカでもほぼ不可能。わき上がる迷いを殺してカルカは引き金を引いた。その一撃により破損した水中型ガンダムは撤退し、ヤル・マルも生還。カルカたちが勝利を掴んだかに見えたが、地球連邦軍のオデッサ包囲網は確実に狭まっていた。

第６話　ダーク・コロニー

宇宙世紀0077年5月、サッシャ・キッツは試験操縦士としてダーク・コロニーへ招かれる。そこではモビルスーツの開発が行われ、ククルス・ドアン特務少尉の下でさまざまな試験が進められていた。6月23日、MS-04 ブグとYMS-03 ヴァッフの実証テストが行われる予定であったが、指揮官のヤッ・デルマ大尉は、テストパイロットのひとりであるカルデンが産業スパイであることをドアンに伝えたうえで「なにもするな」と命令する。

第７話　謀

当初の予定どおり宙域（エリア）ア・バオア・クーにてドアン、キッツ、カルデンによるモビルスーツ実証テストが開始された。模擬弾とはいえ実戦さながらのテストが進むなか、カルデン機の信号が突如途絶える。続いて予定にはない機雷がドアンたちを阻み、無人であるはずの砲台がキッツ機とドアン機を攻撃してきた。ドアンのカルデンへの疑念が確信に変わったとき、カルデン機が携行するMS用バズーカがドアンのブグに向けて発射された。

第８話　子々孫々

モビルスーツ実証テストを妨害するカルデンの本意は、母国ジオンを勝算のない戦争へと向かわせないためであった。そのためにもモビルスーツの開発を成功させてはならないと言う、カルデン。対して、スペースノイドの誇りを守るために立ち上がるべきとするドアンとキッツ。真っ向から対立する三者の戦闘は、飾りのはずの砲台がカルデン機を撃破してしまったことで終結する。実証テストは続行され終了するが、この黒いシナリオを描いたのはドアンの兄、ヤッ・デルマであった。

第９話　ジャブローへ飛べ

宇宙世紀0079年11月、黒い局地型ガンダムとの遭遇戦をひとり生き延びたヴァシリーは、キッツが配属されていた北米南部の基地に合流する。再会を喜び合うヴァシリーとキッツであったが、ドアンの脱走がまだ互いの奥底に"澱み"を生んでいることを知る。消えない"澱み"を抱えたまま、ヴァシリーとキッツは地球連邦軍総司令部ジャブローの攻略戦に参加。ヴァシリーはドム試作実験機に、キッツはザク・ハーフキャノンに搭乗しジャブローへ降下していく。

第10話　一兵士

宇宙世紀0079年12月25日、独立を宣言したジオン公国と地球連邦政府との交渉が決裂。開発訓練Y-02小隊にも出撃命令が下り、ヴァシリーは一兵士として戦うことを決意する。その気持ちは一年近くを経ても変わらず、ジャブロー攻略戦に参加するヴァシリーを突き動かしていた。地球連邦軍の対空部隊を制圧するため、エアボーンでジャブロー基地ゲート４開口部周縁に侵攻したヴァシリーは、連邦軍機を次々と撃破していくが、突如ヴァシリー機の前に黒い《ガンダム》が現れた！

第11話　二機のガンダム

ヴァシリーの前に黒い《ガンダム》が現れ、その僚機も同型と思われる白い《ガンダム》であった。ヴァシリーは北米で殺された部下の仇を討つべく黒い《ガンダム》に挑んでいくが、白い《ガンダム》がビーム・ライフルで攻撃空母ガウを狙撃するところを目撃し、驚愕する。次の狙撃を阻止するためヴァシリーは狙撃ポイントへ急行するも、二機のガンダムに挟撃されてしまう。

第12話　天の業火

ジャブロー攻略から遡ること10か月前、宇宙世紀0079年1月3日、ジオン公国が地球連邦政府に対し、宣戦を布告した。月面都市グラナダとフォン･ブラウンを制圧したジオン公国軍は続いてサイド2 ハッテへと侵攻する。サイド2制圧戦に参加する開発訓練Y-02小隊は、ハッテ防衛隊と戦闘に突入。初めての実戦にヴァシリーは恐怖に呑み込まれまいと、戦いに没入していく。

第13話　ためらいの戦場

開発訓練Y-02小隊が参加したサイド２、ハッテ制圧戦は成功、ヴァシリーたちはみずからが引き起こした惨劇を目の当たりにし、ことばを失ってしまう。ジオン公国軍の作戦は次の段階へ移行し、Y-02小隊はパプア級補給艦の護衛を通達される。ヴァシリーたちの乗艦するパプアは右舷格納庫が立ち入り禁止となっており、そこには毒ガスを収めた注入艇が格納されていた。それを知ったヴァシリーたちが動揺するなか、パプアの周囲で突如、爆発が発生する。

第14話　亀裂

パプア級補給艦付近で謎の爆発が起こり、その影響で右舷格納庫からの連絡が途絶えてしまった。しかもハッチが開閉できない。ドアンはヤル・マルに命じて、モビルスーツで右舷格納庫のハッチを強制的に開けさせる。格納庫には、やはり毒ガスの注入艇が収められていた。その光景を見ていたヴァシリーは、隊長のドアンに対する激しい憤りを覚える。そこへまたもや爆発が発生。同時に敵が襲来し、ドアンはモビルスーツで注入艇を守るように命じるが、ヴァシリーとカルカはそれを拒否する。

第15話　少なき流血　前篇

ドアンたちを襲撃してきたのは、ハッテ防衛隊の残存兵であった。ジオンのモビルスーツに対し、ハッテの戦力は宇宙戦闘機１機とバズーカ。あとは自分の体のみで、彼らは捨て身の白兵戦を挑んできたのだ。狂気をまとった覚悟に戦慄を覚えつつも、ドアンは己の信念に従い対抗していく。乱戦のなか、ハッテ側がカルカのザクⅠを奪取し、さらにはカルカを宇宙へと放り出したことに激昂したヴァシリーは、自機を突撃させ、ハッテ兵ごとザクⅠを撃破してしまった。

第16話　少なき流血　後篇

バズーカで毒ガス注入艇を破壊しようとするハッテ兵を、ドアンは機転を利かせながら次々と処理していく。注入艇はパプア級補給艦に格納され、ハッテ兵の作戦は失敗する。結果的に注入艇を守る形になってしまったヴァシリーは、ハッテ兵から「サイド２の有様こそ、キミ達の…ジオン公国の未来だ」と告げられる。Y-02小隊の任務は完了したが、ハッテのコロニー「アイランド・イフィッシュ」を地球連邦軍ジャブロー基地へ落とす「ブリティッシュ作戦」は失敗。ドアンとヴァシリーたち、ジオンの戦いは続いていた。

第17話　予感

増援部隊を満載したガウ攻撃空母への２射目を阻止したいヴァシリーと、それを阻む黒い《ガンダム》。ヴァシリーは黒い《ガンダム》の攻撃を躱し、差し違える覚悟でガウを狙う白い《ガンダム》を巨大陥没穴へと突き落とす。下にいたキッツの小隊は一斉射撃を行うが白い《ガンダム》は健在。白い《ガンダム》は降下してきたモビルスーツ部隊を一撃で葬ってしまう。

第18話　仇討

ザクⅡ部隊を葬っても、白い《ガンダム》の猛攻は止まらない。ザク・ハーフキャノンでは機動力に劣るため、キッツは白い《ガンダム》を狙撃できるチャンスをうかがっていた。白い《ガンダム》が接近戦を挑んだのを唯一の好機と、キッツは180mmキャノン砲を発射。だが撃破には至らず、今度はキッツが黒い《ガンダム》の急襲を受け、負傷してしまう。

第19話　戦士敗走

黒い《ガンダム》の奇襲で負傷したキッツを救うため、部下であるギルとロウは一斉攻撃を試みる。だが攻撃は失敗し、２人は黒い《ガンダム》に撃破されてしまう。激昂したヴァシリーは北米からの因縁を終わらせようと挑むが、《ガンダム》２機は撤退を選択する。残されたヴァシリーはモビルスーツを捨て、負傷したキッツとともにジャブローの内部へと進む。一方、地球連邦軍の本拠地であるジャブローの奥深くへと侵攻するジオン公国軍は、罠にはまりつつあった。

第20話　地球へ、宇宙へ

負傷したキッツを治療するためにジャブロー基地内部へと進んだヴァシリーは、作戦遂行中のアッガイに遭遇する。そのとき、謎の震動を感じた彼らは、本隊であるガルシア少将の部隊が全滅したことを知らされる。失意のうちに撤退するヴァシリーたち。カルカとヤル・マルがいるオデッサでもジオン公国軍は敗退し、戦局は再び宇宙へと移行することになる。

第21話　小さなゲリラ

U.C.0079 年９月、北米大陸に降りたY-02 小隊は、ジオンに反抗する民間人ゲリラの掃討作戦に参加していた。この戦争に迷いが生じていたヴァシリーは、掃討作戦中に孤児となった少女と出会う。ヴァシリーは少女をかくまっていたが、ドアンとカルカに見つかってしまう。銃を手にした少女はゲリラかも知れない。しかしドアンは少女を殺すことなく解放する。兵士として〈道具〉に徹することを信念としていたドアンの中で何かが変わろうとしていた。

第22話　ゲリラ掃討作戦

オデッサでの攻防戦に敗北したジオンの地球侵攻軍は、地球を脱出。月面グラナダ基地へと逃げのびる。一方、勢いづく地球連邦軍は艦隊をルナツーへ集結させていた。地球連邦軍の次の攻撃目標が月面グラナダ基地なのか、ドズルがいるソロモンなのか？ グラナダ基地では判断がつかないでいた。カルカとヤル・マルはモビルスーツもないままグラナダに留まっていたが、U.C.0079年12 月、地球連邦軍艦隊がソロモンへ攻撃を開始した。

第23話　ソロモン陥落

地球連邦軍艦隊がソロモンを陥落させたことで、キシリアはグラナダの軍をア・バオア・クー要塞へと差し向ける。その援軍の中にはカルカとヤル・マルもいた。ヤッ・デルマ中佐の指揮下に入った２人は、ヴァシリーと再会。ジャブロー基地での戦いで昇進したヴァシリーは、再編成されたY-02小隊の隊長として、カルカ、ヤル・マル、編入されたゴンドとともに最終決戦へ挑むことになる。

第24話　ア・バオア・クーの亡霊

ヴァシリーは新型のアクト・ザクを受領し、新生Y-02小隊を率いて出撃する。地球連邦軍艦隊はソーラ・レイの攻撃によって半数を失っていたが、それだけに必死でもあった。ヴァシリーは、敵MS部隊がア・バオア・クー攻略に集中する隙を狙って、護衛が手薄になった地球連邦軍艦隊を急襲する作戦を提案する。それは、かつて隊長であったドアンが立案するような作戦内容であった。カルカたちはヴァシリーの作戦に賛同し、地球連邦軍艦隊を目指す。

第25話　作戦の行方

地球連邦軍艦隊を急襲しようと新生Y-02小隊は出撃するも、キシリアが差し向けた巨大空母ドロスが先行し艦隊を攻撃していく。その猛攻に追い詰められた艦隊は、残存する全戦力をア・バオア・クーへを集中させてしまう。ヴァシリーは、地球連邦軍艦隊の補給線が伸びきっている現状ならば、持久戦に持ち込むことで本陣は陥落しないと判断。ア・バオア・クーへ取り付こうとする敵MSを攻撃していく。

第26話　追撃者

ドロスからの援軍も加わり、ヴァシリーたちは勝利を信じて地球連邦軍のMS部隊と戦う。Y-02小隊は武器を使い切り、補給のためにいったんア・バオア・クーへ帰投しようとする。だがそこへ一機のモビルスーツが強襲してくる。それは北米大陸、ジャブロー基地でヴァシリーが対峙した黒い《ガンダム》であった。ヴァシリーは黒い《ガンダム》を自分に引きつけて、カルカたちを先に補給へ向かわせる。一刻も早く補給を終わらせてヴァシリーを加勢したいカルカたちであったが、彼らの前にジム・ガードカスタムが立ちはだかった。

第27話　火炎に包まれて

決戦の直前、ヴァシリーはドアンから受け取った弾丸をヤッ・デルマに渡していた。ヤッ・デルマはヴァシリーだけに、ア・バオア・クー戦の２ヶ月前にドアンの追跡作戦が実施されたこと、そしてドアンが脱走した本当の理由を告白する。一方、ア・バオア・クーのゲート前で、カルカとヤル・マル、ゴンドたちはジム・ガードカスタムの襲撃を受けていた。ゴンドは、みずからを犠牲にしてジム・ガードカスタムを撃破、カルカとヤル・マルを守った。

第28話　分裂、ア・バオア・クー

キシリアがギレンを殺したことがきっかけで、ジオン公国軍はキシリア派とギレン派、そしてアルテイシア派に分裂していた。ア・バオア・クー内部で叛乱が起こっている間も、宇宙ではヴァシリーと黒い《ガンダム》の死闘は繰り広げられていたヤッ・デルマと合流したカルカとヤル・マルは、ヴァシリーを援護するためにモビルスーツで出撃していく。

第29話（最終話）　ククルス・ドアンの島

ジオン公国軍はア・バオア・クーを放棄することになったが、地球連邦軍はこの戦いで艦隊のほとんどを損耗していた。ジオンはまだ本国とグラナダ、ドロスの戦力を残しており、この戦いはジオンの勝利かと思われた。しかし、新総帥となったキシリアが座乗するパープル・ウィドゥとドロスがヴァシリーの目の前で轟沈してしまう。呆然となるヴァシリーに黒い《ガンダム》が最後の猛攻を仕掛けてきた。